Initialement, Flora armorica a vu le jour dans le cadre plus large du projet Flora celtica, qui visait à répertorier l’ensemble des usages populaires des plantes de tradition celte, avec l’Écosse et l’Angleterre.
De 1997 à 2005, c’est l’association Jardins du Monde qui est porteuse du projet pour la Bretagne. Visant à couvrir l’ensemble de la Bretagne historique, avec l’ambition d’un projet fédérateur, le projet s’établit dans les faits en Centre-Ouest Bretagne.
En 2007, le projet s’organise en réseau, porté par les associations Skol louarnig, Herborescence et Les mémoires du Kreiz Breizh, l’association Jardins du Monde s’étant retirée du projet. Les premières réunions ont lieu en 2008 et cinq pôles de collectage sont constitués à Bulat-Pestivien, Guéméné-sur-Scorff, Coray, La Feuillée et Carhaix-Plouguer.
De 2009 à 2011, le réseau fonctionne avec des subventions de la Région Bretagne, ainsi que des différents départements et pays concernés par le projet. Cette première période de fonctionnement aboutit à la publication de l’ouvrage Dastumadeg Kentañ, recueil de ces trois années d’enquêtes.
En 2012, Flora armorica change de statut pour se transformer en association, et poursuit son fonctionnement sans subvention. Les pôles de collectage évoluent : certains disparaissent, confrontés à la difficulté de maintenir la dynamique dans le temps, d’autres voient le jour, majoritairement en Basse-Bretagne. L’association travaille alors à la mise en ligne d’une base de données où l’on puisse taper un nom de plante, et retrouver directement ses noms locaux, bretons ou gallos, et ses usages.