Celle-ci est nettement disjointe de celle du duc de Mayenne, chef nominal de la Ligue : les contacts directs ou épistolaires entre eux sont rares, leurs actions mal synchronisées, leurs diplomaties dissociées. Mercœur sera très réticent à respecter les trêves négociées par Mayenne, et poursuivra la lutte plus de deux ans après la soumission de celui-ci au roi. Les droits de sa femme au duché de Bretagne étaient par ailleurs solidement contestés par Philippe II en faveur de l’Infante, sa fille. Mercœur ne les a d’ailleurs évoqués que tardivement, et à des fins dilatoires, lors des ultimes négociations de paix. Ils ne furent jamais le motif d’engagement avancé par ses partisans.
En réalité, ses motivations évoluèrent en fonction des circonstances. À partir de 1594, il semble même livrer son sort au destin. Le roi n’ayant pas d’héritier direct et les rumeurs d’attentat contre la personne royale n’étant pas toutes infondées, Mercœur pouvait espérer, dans le cas d’une vacance du pouvoir à nouveau problématique, capitaliser à son profit les mécontents de tous ordres. Loin d’être un stratège militaire et une tête politique, il a subi les événements autant qu’il les a provoqués, et fut souvent dépassé par les conséquences, notamment internationales, de sa rébellion.