Pendant la Seconde Guerre mondiale, Brest servit de base principale à la Kriegsmarineallemande, d’où elle pouvait aisément lancer des attaques contre les convois traversant l’Atlantique, et où ses navires se pouvaient se faire caréner. La première grosse unité qui vint s’y faire réparer fut le croiseur lourd Admiral Hipper (1937), qui rallia Brest le 27 décembre 1940, après un raid dans l’Atlantique. Il reprit ses activités le 1er février de l’année suivante, revenant à Brest le 14 du même mois, et en sortant définitivement le 16 mars. Quelques jours après (22 mars) y entraient les croiseurs de bataille Gneisenau (1938) et Scharnhorst (1936), en avarie de machines. Partis de Kiel le 21 janvier, ils avaient réussi à pénétrer dans l’Atlantique et avaient coulé vingt-deux bâtiments alliés. Repérés par les avions de reconnaissance de la RAF, que Jean Philippon, officier de marine membre de la Résistance, avait renseignés, les deux croiseurs furent bombardés. Le Gneisenau fut durement touché le 6 avril et dans la nuit du 10 au 11, et les deux navires bloqués à Brest furent rejoints, le 1er juin, par le croiseur lourd Prinz Eugen (1938), lui aussi bientôt bombardé. Le port breton s’avérant être un piège, les trois navires quittèrent Brest de nuit le 11 février 1942, (début de l’opération Cerberus) passant la Manche malgré la résistance britannique. Ils ne revinrent jamais à Brest, où furent basées deux flottilles de sous-marins, d’abord abritées dans la Penfeld puis à Laninon, dans une base puissamment défendue.
