Par son originalité, cet établissement public ne rentre pas dans les cases administratives habituelles. Rattaché directement au ministère de l’Éducation nationale, mais dépendant sur le plan administratif de la Cité scolaire Aristide-Briand de Saint-Nazaire, le Lycée XP a parfois des relations difficiles avec le rectorat de l’Académie de Nantes.
Les élèves qui souhaitent intégrer cet établissement breton d’un genre différent doivent prendre en charge le fonctionnement du lycée, aux côtés des enseignants, et être dans la démarche d’une autonomie personnelle active. Pas de bulletin, pas de notes, pas d’emploi du temps imposé, pas de conseil de classe et les élèves n’ont pas à justifier leur absence. Ils doivent s’engager à partager, à égalité de droit, la gestion du lycée et à participer au processus de décision guidé par la recherche du consensus. Pour l’équipe pédagogique, ce n’est pas non plus un long fleuve tranquille avec une forte implication qui peut être pesante au fil des ans. Le travail dans un tel établissement demande une volonté d’opérer dans un collectif de même qu’un fort appétit pour les pédagogies alternatives. L’ouverture des champs d’apprentissage à travers l’inter et la transdisciplinarité vise au décloisonnement des savoirs par la mise en relation de plusieurs matières en les confrontant.
L’établissement est cogéré, à parité de droit, par les MEE, Membres de l’équipe éducative (17 personnes), et les élèves (180 personnes maximum). Sur le plan purement pédagogique, la formation intellectuelle se fait dans des ateliers, centrés sur un sujet transdisciplinaire pendant quinze jours, animés par deux membres de l’équipe éducative, avec des élèves volontaires. On l’a compris, on ne vient pas au Lycée XP par hasard et encore moins pour intégrer une « boîte à Bac », l’obtention du diplôme n’étant pas une fin en soi mais s’inscrivant dans un projet plus global basé sur l’autonomie personnelle et le développement de l’esprit critique.