La croissance des populations internées nourrit une véritable frénésie de constructions et d’agrandissements tout au long du siècle. Ce sont parfois de véritables petites cités qui s’édifient en bordure des villes, comme à Quimper.
Le premier directeur-médecin de l’asile est Athanase Follet, considéré comme le père fondateur de l’établissement. Le Dr Irénée-Célestin Baume lui succède à la tête de l’établissement en 1857. Comme l’indique la dénomination de « directeur-médecin », les fonctions médicales et administratives ne sont pas séparées, et un bon aliéniste est autant un bâtisseur qu’un guérisseur. Sous la direction des docteurs Follet et Baume, l’asile s’agrandit de plusieurs dizaines d’hectares et de centaines de lits, notamment grâce à la création d’un nouveau quartier de classement dit « quartier Baume ». On y installe une ferme modèle (dans laquelle on fait travailler les malades convalescents), on fait construire une buanderie, une brasserie, de nouvelles cuisines, etc. L’établissement approche ainsi de l’idéal de l’autarcie et compte bien montrer au Conseil général qu’il fait tout pour modérer l’accroissement des dépenses du service départemental des aliénés.
L’établissement se distingue particulièrement par l’application de l’hydrothérapie (c’est-à-dire les bains et douches). Ces installations portent l’asile Saint-Athanase à la pointe des traitements médicaux et l’on se félicite, dans un premier temps du moins, de leurs excellents résultats. Pour la plupart des malades internés, les principales formes de soin se résument cependant à l’isolement et à la mise au travail, comme dans les autres asiles bretons.
