À partir de 1562, la France est ravagée par les guerres de Religion entre catholiques et protestants. La présence protestante étant réduite en Bretagne, la province reste globalement à l’écart de ces troubles. En 1584 toutefois, les tensions s’aggravent quand Henri de Navarre, chef du parti protestant, devient l’héritier légitime du trône de France, au grand dam des catholiques. Suite à son gouverneur, le duc de Mercœur, la Bretagne passe progressivement dans le camp de la Ligue catholique.
L’assaut du château
Face aux tensions montantes, les habitants de Saint-Malo s’organisent pour préserver leurs intérêts économiques menacés par la guerre civile. Ville fortifiée et épiscopale, siège d’un grand évêché s’étendant jusqu’à Ploërmel, elle est aussi une ville commerçante tournée vers la mer. La bourgeoisie y devient précocement une force sociale. Les habitants élisent en 1585 un Conseil de douze conservateurs, noyau de la future république de Saint-Malo. Quand Henri III est assassiné, en 1589, les Malouins refusent de reconnaître le nouveau roi, Henri IV, et se retrouvent en porte-à-faux avec le gouverneur royaliste de Saint-Malo. Henri IV se rapprochant de Saint-Malo, le gouverneur de Fontaines annonce son intention de lui ouvrir les portes de la ville. La rupture est complète. Les principaux notables de la ville montent donc un plan pour s’emparer du château, où réside le gouverneur. Le château protège la cité malouine, en en contrôlant l’accès, mais sert aussi à la surveiller, la contrôler. L’assaut, au cours duquel périt le gouverneur, est effectué dans la nuit du 11 au 12 mars 1590. C’est le début de la république de Saint-Malo.
Le Conseil prend dès lors toutes les dispositions pour s’autogouverner, jusqu’à l’accession d’un roi catholique. Il élit le procureur-syndic Jean Picot de la Gicquelay « chef et président du Conseil au gouvernement de la ville et château » de Saint-Malo. Progressivement, Saint-Malo met en place tous les traits de la souveraineté, le Conseil gouvernant et définissant une politique propre dans des domaines aussi variés que la défense, les relations extérieures, les finances, la police, la justice ou encore le commerce.
Ne dépendre de personne
Dès fin mars 1590, s’élabore même une véritable politique extérieure autonome. Le négoce avec les partisans du roi est interdit. Les cités de Morlaix, Lannion, Saint-Brieuc et Roscoff reçoivent au contraire la visite d’un député malouin, chargé de les informer du changement politique et de les assurer de la poursuite des relations habituelles. Au niveau international par contre, Saint-Malo veille à préserver de bonnes relations commerciales avec l’Angleterre, la république des Provinces-Unies et la Ligue hanséatique, les prévenant du changement politique à Saint-Malo, mais les rassurant sur leur volonté de maintenir la liberté de commerce malgré les divergences religieuses.
Si Saint-Malo ne reconnaît pas Henri IV, elle ne reconnaît pas non plus l’autorité du duc de Mercœur, et ne lui ouvrira jamais les portes de la cité. Pour se prémunir de toute agression de Mercœur, les Malouins, pragmatiques, délèguent un député auprès du duc de Mayenne, chef de la Ligue en France, de même qu’auprès du roi d’Espagne. Il s’agit au fond de ne dépendre de personne en jouant des ambitions concurrentes des puissances de l’époque.
Si Saint-Malo privilégie la diplomatie et le pragmatisme, elle constitue également une puissante force militaire, possédant une des meilleures flottes de l’époque. Saint-Malo parvient ainsi à préserver non seulement la sécurité des Malouins, mais aussi les intérêts commerciaux des puissantes familles commerçantes qui dominent le Conseil. Tout au long de la période le commerce est florissant, ce qui contraste avec la crise que traverse le reste de la Bretagne. Saint-Malo devient un véritable entrepôt où viennent s’entasser munitions, armes, toiles, quincaillerie et même oranges ! Les vivres, qui font si cruellement défaut au reste de la Bretagne, s’entassent au contraire dans la République.
L’édit de Réduction
Le 25 juillet 1593, Henri IV se convertit au catholicisme. S’étant juré de s’autogouverner pendant l’interrègne en attendant que « Dieu ait donné un roi catholique à la France », le Conseil autonome perd la raison première de son existence. Le 1er avril 1594, l’assemblée de ville nomme une délégation pour discuter avec le roi, dans la perspective de rentrer dans le giron français. Les Malouins traitent presque d’égal à égal avec le roi. Après des mois de négociations, le roi accède au final à la plupart des demandes malouines, ce qui aboutit à l’édit de Réduction, qu’il signe le 4 octobre 1594. C’est la fin de la république de Saint-Malo.
Tout au long de la Ligue, les dirigeants malouins ont eu le souci de rester maîtres de leur destin et de développer leur commerce, en imposant une sorte d’espace marchand préservé des aléas de la grande politique. En se tenant à l’écart de la guerre civile, la république de Saint-Malo a confirmé l’essor d’une ville commerçante.